Francia, 1760. Nata da una famiglia borghese, Suzanne (Pauline Etienne) è una bella ragazza con un talento naturale per la musica. Nonostante la sua fede, rimane scioccata quando i suoi genitori decidono di mandarla in convento, aspettandosi che prenda i voti. Suzanne prima resiste alle regole del convento, ma ben presto scopre di essere una figlia illegittima, e di conseguenza costretta a pronunciare i voti e subire le conseguenze del peccato di sua madre. Ben presto tenta di sfuggire al cammino religioso, ma mentre cerca di revocare i voti, la Madre Superiora, che le era stata di conforto e sollievo, muore. Le succede Suor Christine (Louise Bourgoin), che si rivela una madre Superiora sadica e crudele, che infligge le peggiori forme di umiliazione a Suzanne, come ad esempio privarla di cibo e vestiti. Suzanne viene infine trasferita in un altro convento, dove scopre un altro tipo di Madre Superiora (Isabelle Huppert), che sviluppa con lei un inappropriato legame affettuoso… Tratto dal romanzo di Diderot, La Religiosa racconta la storia di una donna che cerca di resistere a valori religiosi imposti, rivelando l’effetto disumanizzante di una vita di reclusione.